Josef Friedrich Doppelbauer war ab 1956 durchgehend auch als Pädagoge tätig: Ein Jahr im Gymnasium in der Dr-Schauer-Straße in Wels, dann am Brucknerkonservatorium Linz und später am Mozarteum in Salzburg. Dort betreute er die Fächer Tonsatz, Komposition, kirchliche Komposition und Orgel. Von seinen Schülern wurde der „Doppi“ als gütiger und humorvoller Lehrer beschrieben. Trotzdem „getraute man sich nicht zur Orgelstunde zu gehen, wenn man nicht ordentlich vorbereitet war.

Es war mehr die Fähigkeit zur Einsicht, für sich selbst und der Musik gegenüber verantwortlich zu sein, die man bei ihm lernte“ schrieb der Welser Komponist und Professor am Mozarteum Ernst Ludwig Leitner, selbst Schüler von Doppelbauer.

Elisabeth Gober meinte über ihren Lehrer Doppelbauer: „Es ging im Unterricht … immer um das Ringen um Gestaltung, um die wechselbeziehende Kraft von Form und Inhalt. Aber genau das bedeutet zunächst schlicht Handwerkserlernung; bedeutete strengsten Kompositionsunterricht, strengsten Formunterricht.“

Gerd Kühr, Professor an der Kunstuniversität Graz und Doppelbauerschüler schrieb: „Doppelbauers Toleranz erweist sich als Förderer der Ausbildung eines Personalstils, als vorsichtiger Wegweiser auch auf einem Weg nach außen, … zu neuen Blickwinkeln und Ufern.“

Auf die Frage, worauf er als Lehrer das größte Augenmerk gelegt hätte, antwortete Doppelbauer: „Auf ein genaues, sauberes Handwerk, damit der Student nicht auf das Notenpapier schreibt, was er nicht vor sich selbst verantworten kann.“ Der moralische Anspruch des Komponisten wird auch in seinem Satz deutlich „Man kann der Musik dienen und man kann sich ihrer bedienen.“

Diese Bescheidenheit des Komponisten gegenüber der zu suchenden „Wahrheit“, kritische Selbstreflexion, das Prinzip der Ordnung als Grundlage für die Öffnung hin zu Neuem, das Staunen und die Sehnsucht, aus der Kunst entsteht, werden von Elisabeth Gober als charakteristisch für Doppelbauers Unterricht beschrieben.